מקורות וירוס הקורונה: ניתוח הגנום מציע לשני וירוסים

תמונה באמצעות מיכל איקו / אנספלש

מאמר זה של אלכסנדר חסנין מתפרסם כאן באישור השיחה . תוכן זה משותף כאן מכיוון שהנושא עשוי לעניין את קוראי סנופס הוא אינו מייצג את עבודתם של בודקי עובדות או עורכים של סנופס.




תוך כמה שבועות למדנו כולנו הרבה על COVID-19 ועל הנגיף שגורם לו: SARS-CoV-2. אבל היו גם הרבה שמועות. ולמרות שמספר המאמרים המדעיים על וירוס זה גדל, ישנם עדיין אזורים אפורים רבים לגבי מקורו.



באילו מיני בעלי חיים זה קרה? עטלף, פנגולין או מין בר אחר? מהיכן זה מגיע? ממערה או מיער במחוז הוביי הסיני, או במקום אחר?

בדצמבר 2019 עברו 27 מתוך 41 האנשים הראשונים שאושפזו (66%) בשוק שנמצא בלב העיר ווהאן במחוז הוביי. אבל, על פי א מחקר שנערך בבית החולים ווהאן המקרה האנושי הראשון שזוהה לא הגיע לשוק זה. במקום זאת, הערכת תאריכים מולקולרית המבוססת על הרצפים הגנומיים של SARS-CoV-2 מציין מקור בנובמבר. זה מעלה שאלות לגבי הקשר בין מגפת COVID-19 לבין חיות הבר.



איזה שלוש ספינות הפליגו עם קולומבוס

נתונים גנומיים

ה הגנום SARS-CoV-2 היה רצף מהיר על ידי חוקרים סינים. זה RNA מולקולה של כ- 30,000 בסיסים המכילים 15 גנים, כולל גן S המקודד חלבון הממוקם על פני המעטפה הנגיפית (לשם השוואה, הגנום שלנו הוא בצורה של סליל כפול של DNA בגודל של כ -3 מיליארד בסיסים ומכיל כ- 30,000 גנים).

יַחֲסִי ניתוחים גנומיים הראו כי SARS-CoV-2 שייך לקבוצה של וירוסים בטקורוניים ושהוא קרוב מאוד ל SARS-CoV , אחראי למגיפה של דלקת ריאות חריפה שהופיעה בנובמבר 2002 במחוז גואנגדונג הסיני ואז התפשטה ל -29 מדינות בשנת 2003. בסך הכל נרשמו 8,098 מקרים, כולל 774 מקרי מוות. ידוע כי עטלפים מהסוג Rhinolophus (פוטנציאל כמה מיני מערות) היו מאגר הנגיף הזה וכי טורף קטן, סיווטת כף היד ( Paguma larvata ), אולי שימש כ- מארח ביניים בין עטלפים למקרים האנושיים הראשונים.

מאז, רבים וירוסים בטקורוניים התגלו, בעיקר בעטלפים, אך גם בבני אדם. לדוגמא, RaTG13, מבודד מחבט מהמין Rhinolophidae קשור שנאספו במחוז יונאן בסין, תוארה לאחרונה כדומה מאוד ל- SARS-CoV-2, עם רצפי גנום זהים 96% . תוצאות אלו מצביעות על כך שעטלפים, ובמיוחד מינים מהסוג Rhinolophus , מהווים את מאגר הנגיפים SARS-CoV ו- SARS-CoV-2.



אחד, Rhinolophidae קשור .
אלכסנדר חסנין,המחבר סיפק

אבל איך מגדירים מאגר? מאגר הוא אחד או יותר ממיני בעלי חיים שאינם רגישים במיוחד לנגיף, אשר באופן טבעי יתארח נגיף אחד או כמה. היעדר תסמינים של המחלה מוסבר על ידי יעילות מערכת החיסון שלהם, המאפשרת להם להילחם נגד ריבוי נגיפי רב מדי.

מנגנון רקומבינציה

ב- 7 בפברואר 2020 נודע לנו שבנגיף התגלה נגיף קרוב יותר ל- SARS-CoV-2. עם 99% מ דווח על קונקורדנציה גנומית , זה הציע מאגר סביר יותר מאשר עטלפים. עם זאת, א מחקר שנערך לאחרונה מראה כי הגנום של נגיף העטרה המבודד מהפנגולין המלזי ( מאניס ג'וואניקה ) דומה פחות ל- SARS-Cov-2, עם רק 90% מהקונקורדנציה הגנומית. זה מצביע על כך שהנגיף המבודד בפנגולין אינו אחראי למגפת COVID-19 המשתוללת כיום.

עם זאת, נגיף הקורונה המבודד מפנגולין דומה ב- 99% באזור ספציפי של חלבון S, התואם את 74 חומצות האמינו המעורבות בתחום קשרי הקולטן ACE (Angiotensin Converting Enzyme 2), זה המאפשר לנגיף להיכנס. תאים אנושיים להדביק אותם. לעומת זאת, הנגיף RaTG13 מבודד מחבט ר 'קשור שונה מאוד באזור ספציפי זה (רק 77% מהדמיון). משמעות הדבר היא כי נגיף הקורונה המבודד מפנגולין מסוגל להיכנס לתאים אנושיים ואילו זה המבודד מחבט ר 'קשור לא.

בנוסף, השוואות גנומיות אלה מראות כי נגיף ה- SARS-Cov-2 הוא תוצאה של רקומבינציה בין שני נגיפים שונים, האחד קרוב ל- RaTG13 והשני קרוב יותר לנגיף הפנגולין. במילים אחרות, זוהי כימרה בין שני נגיפים קיימים.

נגיף כלילי מהפנגולין יכול להיות אחד המקורות ל- COVID-19.
ברית חיות הבר / פליקר , CC BY

היה למנגנון רקומבינציה זה כבר תואר ב coronaviruses, במיוחד כדי להסביר את המקור של SARS-CoV. חשוב לדעת כי רקומבינציה גורמת לנגיף חדש העלול להיות מסוגל להדביק זן מארח חדש. כדי שתוכל להתקיים מחדש, שני הנגיפים השונים חייבים להדביק את אותו אורגניזם בו זמנית.

שתי שאלות נותרו ללא מענה: באיזה אורגניזם התרחש רקומבינציה זו? (עטלף, פנגולין או מין אחר?) ומעל לכל, באילו תנאים התחולל רקומבינציה זו?

ג'ורג 'פלויד רישום פלילי בדיקת עובדות

אלכסנדר חסנין פרופסור חבר (HDR) באוניברסיטת סורבון, ISYEB - המכון לשיטתיות, אבולוציה, מגוון ביולוגי (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), המוזיאון הלאומי להיסטוריה של הטבע (MNHN)

מאמר זה פורסם מחדש מ השיחה תחת רישיון Creative Commons. קרא את ה מאמר מקורי .